Maurer wurde 1967 in Ried in Oberösterreich geboren. Im Alter von sieben Jahren begann er Blockflöte, Klarinette und Saxophon zu spielen. Ab 1988 studierte er Saxophon an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien, wo er ab 1991 klassisches Saxophon unterrichtete und sich 2003 habilitierte.
 

Im Klassikbereich arbeitete er unter anderem mit den Wiener Philharmonikern, den Berliner Philharmonikern oder dem Radio-Symphonieorchester Wien zusammen.

Im Jazzbereich wurde er durch seine Arbeiten dem Vienna Art Orchestra, Kenny Wheeler, Karl Ratzer, Natalie Cole, Joe Zawinul, Hans Koller, Dorretta Carter und dem von ihm mitgegründeten Upper Austrian Jazz Orchestra sowie als Mitglied der Gruppe Saxofour bekannt. Weiters spielte er mit The Supremes und Liza Minnelli. Travelling Hard mit dem Robert Bachner Quintett gewann 2006 den Hans-Koller-Preis als beste CD.